Gli organi di partecipazione democratica e di direzione 
dell’Associazione sono:
- l’Assemblea dei Soci;
- il Consiglio direttivo;
- il Presidente;
- il Collegio dei Revisori.
L’Assemblea dei Soci (art. 12-16 dello Statuto) è l’organo sovrano dell’Associazione e delibera su qualsiasi proposta venga presentata alla sua attenzione ed in particolare:
- nomina i componenti del Consiglio direttivo e del Collegio dei Revisori;
- approva il bilancio annuale redatto dal Consiglio direttivo, sentito il parere del Collegio dei Revisori;
- emana le direttive generali per il perseguimento degli scopi dell’Associazione, stabilendo il programma dell’attività da svolgere;
- delibera su quant’altro ad essa demandato per legge o per statuto o ad essa sottoposto dal Consiglio direttivo.
Il Consiglio direttivo coordina l’attività dell’Associazione, ne cura l’amministrazione e attua le direttive impartite dall’Assemblea. I membri attualmente in carica sono: Anna Maria D’Antona, Giorgia Delli Cicchi, Flavia Casarosa, Rosa Danza, Antonietta Pisani, Pietro Galliani e Felice Pantone. Nessun compenso è dovuto ai membri del Consiglio.
Il Presidente (art. 20) ha la rappresentanza legale dell’Associazione e ne firma tutti gli atti. Il presidente in carica è Anna Maria D’Antona.
Il Collegio dei Revisori (art. 21) composto da tre membri, controlla la gestione amministrativa e finanziaria dell’Associazione. Presiede il collegio Antonio Piccioli.
Famiglia Aperta, oltre a questi organi previsti dallo statuto, si è dotata di due gruppi con compiti di indirizzo e controllo. Il primo, denominato “Gruppo di lavoro per la Croce del Sud“, ha compiti circoscritti all’attività della Casa Famiglia di cui l’Associazione è titolare, mentre il secondo detto “Gruppo di regia affidi part-time”, segue l’operatività prevista dalla convenzione con i Servizi Sociali dell’ASL5 per questo tipo di affidi.
